沙眼的并发症主要有睑内翻及倒睫、沙眼性角膜溃疡、上睑下垂、沙眼性眼干燥症。

1、睑内翻及倒睫

在沙眼的后期，病变可侵及睑板，因瘢痕组织收缩而变短，加之睑结膜，特别是睑板上沟部位因瘢痕而收缩，遂使睑板向内弯曲如舟状，形成典型的睑内翻倒睫。倒睫亦可单独发生，乃由于毛囊附近受病变侵犯后产生的瘢痕所致。倒睫的长期刺激，可使角膜浅层呈现弥漫性点状浸润，继而上皮剥脱，形成溃疡，称沙眼性角膜炎或沙眼性角膜溃疡。此时病人出现异物感、怕光、流泪、疼痛及视力模糊等症状。

2、沙眼性角膜溃疡

在血管的末端有灰白色点状浸润，一旦破溃，即形成浅层溃疡，这些溃疡可以互相融合，形成小沟状溃疡。这种由沙眼血管所引起的溃疡，与倒睫所引起者，均称为沙眼性角膜溃疡。

3、上睑下垂

由于上睑结膜及睑板组织增生肥厚，使上睑重量增加；同时病变侵及苗勒氏肌和提上睑肌，使提睑功能减弱，因而发生上睑下垂。

4、沙眼性眼干燥症

由于结膜表面瘢痕化，将结膜的付泪腺及杯状细胞完全破坏，泪腺排泄管在上穹窿部的开口也被封闭，粘液和泪液完全消失，结膜及角膜变干燥，严重时结膜角膜呈弥漫性实质性混浊，上皮角化、肥厚，形似皮肤、视力极度降低。