沙眼衣原体是非淋菌性尿道炎与非淋菌性宫颈炎的主要致病菌。近年来沙眼衣原体感染引起的这二种疾病发生率显著上升，尤其在性活跃的青年妇女中发病率更高。长期持续感染还可以引起慢性盆腔炎，甚至扩展至上腹部引起急腹症。生殖道沙眼衣原体感染治疗不彻底，虽可暂时无任何症状，但沙眼衣原体可隐藏在宫颈管粘膜皱襞内，宫颈管存在沙眼衣原体的妇女怀孕后在妊娠和分娩过程中可发生以下一些危险。

流产宫颈管沙眼衣原体阳性组流产率明显高于阴性组，这与沙眼衣原体感染对胚胎的损害及存在子宫内膜炎症有关。

早产、胎膜早破这是由于沙眼衣原体感染使促进子宫收缩的前列腺素活化，加之由于上行感染产生绒毛膜炎羊膜炎使胎膜脆弱所致。

低体重儿这与沙眼衣原体上行感染引起胎儿宫内感染或胎盘功能受损有关。

衣原体性新生儿结膜炎系经产道感染沙眼衣原体所致，最早发生于出生后第5天，多数发生于5—10天。