典型症状的沙眼很容易做出诊断，轻型早期病例则较难诊断。按照中华医学会眼科学会（1979年）决定的沙眼诊断依据为：
1、上睑结膜血管模糊，乳头肥大，及滤泡形成等，主要是出现在睑板部上缘，或上穹窿部及内、外眦部。
2、用放大镜或裂隙灯角膜显微镜检查可见角膜上缘有血管翳。
3、上睑结膜、上穹隆部出现瘢痕。
4、必要时作睑结膜刮片，在结膜上皮细胞中可找到包涵体。或培养分离出沙眼衣原体。
在第一项的基础上，兼有其他三项中之一者即可诊断沙眼。
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